Em 1212 o Margrave de Meissen, ordenou a fundação do Coro do mosteiro em St. Thomas em Leipzig, Alemanha. Ele pertencia a uma escola do mosteiro que treinava os jovens da igreja e que em seguida tornou-se também acessível às crianças na arte do canto. Com a Reforma Protestante introduzida  em Leipzig ,em 1539,o coro permanece na Igreja , que é, portanto, a mais antiga instituição cultural nesta cidade. No tempo de Bach, os cantores Thomanerchor disponíveis eram apenas cerca de 16 membros.

No final do século XIX, St. Thomas School, ao lado da igreja do mesmo nome, foi demolido o prédio e o coro mudou-se para Hillerstraße, e atualmente no "Bairro Music" de Leipzig.

Desde 1992 dirige o coro é dirigido por Georg Cristoph Biller, sendo assim o XVI sucessor de Bach.

O Coro de St. Thomas conta atualmente com 92 crianças e jovens entre nove e 18 anos. Os cantores, chamados de "Thomanerchor", vivem em um colégio interno, o Thomasalumnat e estudam no Tomasschule, instituto humanista com ênfase na formação musical.

Tradicionalmente o coro foca o seu trabalho nas obras de Johann Sebastian Bach, mas o repertorio inclui música religiosa e secular de todos os períodos musicais.